TREEVIEWX DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
En muchas ocasiones, cuando se está estudiando o se tiene que presentar una idea de forma que se entienda rápidamente por cualquier persona siempre es bueno contar con un mapa conceptual donde se muestren las ideas y la relación entre ellas de una forma muy sencilla. Por eso, para las personas que no saber realizar dicho mapa existe un programa gratuito conocido como TreeView X que sirve para crear mapas conceptuales.
Con esta aplicación se pueden crear árboles filogenéticos en forma de árbol genealógico. Se puede leer y mostrar archivos de árboles y permite ordenar las ramas de los árboles, y exportar los árboles en formato SVG.
TreeView X permite crear mapas conceptuales de forma jerárquica y esto permite ir desde arriba hacia abajo uniendo con flechas verticales (para saber que lo que se encuentra arriba es lo mas importante). Cabe aclarar, que a pesar de que dicho programa se encuentra en inglés es muy sencillo utilizarlo, debido a que cuenta con acciones y comandos simples.
Por defecto el programa trabaja con formato TRE, también carga PHB (árboles ClustalW), también formatos que son aptos para NEXUS, Newick, PAUP, ClustalX y TREE-PUZZLE. Dentro de esta aplicación caben todas las ideas de clasificación. Cada nodo esta compuesto de subnodos que facilitan el ramaje en forma de árbol y las representaciones de elementos principales (padre) y subelementos (hijos).
Permite cambiar el formato y tamaño de la fuente, el estilo del cladograma, guardar como texto etc. Graba por defecto en formato NEXUS, pero también es posible guardar los árboles en formato gráfico vectorial SVG, que luego se puede escalar sin pérdida de calidad en Inkscape.
TreeView X es un software gratuito y libre, su código es abierto y puede ser utilizado las plataformas OS X, de Linux, de Unix, de Windows y Mackintosh.
Se pueden bajar ejemplos de Early Bird. También en el buscador de la Universidad de Harvard, o en el Morphbank.
Las bases de datos filogenéticas más importantes son: TreeBASE, de la Univerisdad de Buffalo, Tree of Life, un trabajo colaborativo, NCBI Taxonomy, del Centro Nacional de Información sobre Biotecnología de USA, y EMBL sequence alignment database, del Instituto Europeo de Bioinformática.
Otras herramientas similares a TreeViewX son la ambiciosa “Arb” ó como la más específica “Seaview”.
CARACTERÍSTICAS
- Gracias al árbol de editor se pueden crear:
- Cladograma inclinado
- Cladograma rectangular
- Phylograma
o Mostrar las etiquetas de nodo interno
o Ampliar (Zoom)
o Lee muchos formatos de archivos diferentes de árboles (como NEXUS, PHYLIP, Hennig86, NONA, MEGA, y ClustalW / X)
o Soporte para archivos de imagen (SVG, EMF)
o Exportación a formato SVG
o Vista previa de impresión
o Imprimir varios árboles por página, y un árbol en más de una página
Menú Archivo
- Abierto (Open): Abrir un archivo de árbol. TreeView lee NEXUS y los archivos de PHYLIP árbol. En la versión para Windows del cuadro de diálogo abierto tiene una serie de filtros que corresponden a extensiones de uso común para los archivos del árbol.
- Cerrar (Close): Cierre la ventana de árbol actual.
- Guardar como (Save as): Le permite guardad el árbol (s) en un archivo con un nombre diferente utilizando una serie de formatos diferentes. El valor predeterminado es un archivo de nexo con los taxones y bloques de árboles, sin embargo también se pueden guardar sólo el bloque de los árboles, o escribir una PHYLIP o Hennig86 archivo de estilo de árbol.
El cuadro de diálogo también le permite controlar si los árboles tienen información de las sucursales de longitud y las etiquetas internas (si está disponible), y si usted ha definido un grupo externo puede elegir a la raíz de los árboles antes de guardarlos.
- Guardar como gráfico (Save as graphic): Guarda una imagen del árbol actual como un archivo PICT (Macintosh) o metarchivo de Windows (Windows). Estos formatos pueden ser leídos por la mayoría de los programas de gráficos y procesadores de texto. La imagen se escala para ajustarse a la configuración de la página actual (que se puede cambiar mediante la configuración de impresión).
- Importación submenú (Import submenu): Las listas de importación submenú comandos que los árboles de acceso en formatos distintos a los estándar de la orden abierta puede leer.
- Lista de nombres de taxón (List of taxon names): Este comando lee una lista de nombres de taxón, uno por línea, y construye un árbol para ellos. A continuación, puede utilizar TreeView editor de árboles para editar el árbol. Este comando proporciona una forma rápida de crear árboles de las listas de taxones. El archivo que contiene los taxones debe ser un archivo de texto ASCII con el nombre del taxón uno por línea, por ejemplo:
taxón uno
taxón dos
taxón tres
taxón cuatro
- Buscar Treebase (Search TreeBASE): Elegir este comando iniciará el explorador Web y mostrar la página de búsqueda de la Treebase (base de datos). Puede pegar los árboles de los archivos de NEXUS en Treebase directamente en TreeView desde el navegador. Este comando requiere que tenga un navegador Web correctamente configurado y una conexión a Internet en su máquina.
- Configurar impresión (Print setup): Establecer la orientación de página y seleccione una impresora.
- Vista previa de impresión (Print preview): Muestra cómo el árbol aparecerá en la página impresa. Desde la versión 1.4 se puede imprimir un árbol de más de más de una página. Elija un valor en el menú desplegable a la derecha en el botón Cerrar.
- Imprimir (Print): Imprimir el árbol actual.
- Salir (Quit): Salida de la aplicación TreeView.
Menú de edición (Edit menu):
- Copia (Copy): Copia el árbol actual en el Portapapeles como tanto una imagen y un texto descriptivo. La imagen se escala para ajustarse a la configuración de la página actual (que se puede cambiar mediante la configuración de impresión), y se puede pegar en otra aplicación (por ejemplo, un programa de diseño gráfico o procesador de texto). La descripción del árbol se encuentra en nivel "paréntesis anidados" la forma, y se puede pegar en otras aplicaciones (por ejemplo, los editores de texto en PAUP y componentes), o en TreeView sí mismo. En los programas que apoyan el texto y las imágenes (por ejemplo, procesadores de texto) puede que tenga que utilizar ese programa de comando Pegado especial (o su equivalente) para seleccionar la imagen del árbol o su descripción de texto.
- Pasta (Paste): Si el Portapapeles contiene texto, TreeView tratar el texto como una o más descripciones del árbol y tratar de leer los árboles. Si tiene éxito, TreeView mostrará los árboles en una nueva ventana titulada "desde el portapapeles."
- Editar árbol (Edit tree): Abre el árbol que se muestra actualmente en un editor de árbol de la ventana.
- Preferencias (Preferences): Muestra un cuadro de diálogo con fichas donde puede especificar sus preferencias predeterminadas para la visualización de los árboles. Utilice este comando para especificar cómo desea que se muestren los árboles cuando se abre el archivo de éstos.
- Estilo de menú (Style menu): Normal, negrita, cursiva, tamaño, fuente. Especificar el estilo para utilizar en la elaboración del árbol.
- Menú de Árboles (Trees menu): Donde aparecerán
El comando phylogram sólo está disponible si el árbol tiene longitudes de las ramas. El cladograma radial es como un árbol sin raíces cuyas ramas irradian desde un punto central. Las ramas son escaladas por su longitud, de lo contrario cada rama tiene la misma longitud.
- Mostrar las etiquetas internas de borde (Show internal edge labels): Parte de la información sobre los programas de almacenaje de los nodos internos, aparece como etiquetas de los nodos. El programa Consense PHYLIP almacena la frecuencia de los grupos en el árbol de consenso como la longitud de borde. Utilice este comando para ver estos valores (que se ven mejor en un cladograma rectangular). Los archivos CLUSTALW *. PHB almacenan valores de arranque, como las etiquetas de los nodos internos del árbol.
- Fuente de la etiqueta interna (Internal label font): Puede cambiar la fuente utilizada para etiquetar los bordes interiores (y la barra de escala que se muestra en un phylograma) independientemente de la fuente utilizada para etiquetar los taxones terminales.
- Order Ordenar (Order): Usted puede ordenar los árboles de tal manera que los nodos que tienen más descendientes son colocados bien a la izquierda o a la derecha, o se puede restaurar el orden original.
- Elegir árbol (Choose tree): Muestra un cuadro de diálogo con todos los tipos de árboles.
- Definir grupo externo (Define outgroup): Se puede definir un conjunto de taxones como un grupo externo. Tenga en cuenta que el árbol no va a tener ninguna relación con este grupo externo hasta que se elija el comando “enraizar con el grupo externo”.
- Enraizar con el grupo externo (Root with outgroup): Se crean las raíces del árbol con el grupo externo definido.
- Imprimir los árboles (Print Trees): Muestra un cuadro de diálogo que le permite imprimir más de un árbol por página:
El botón de diseño muestra un cuadro de diálogo donde se puede especificar el número de árboles por página que desee (hasta 100), si desea mostrar los nombres de los árboles, y si los árboles se deben situar de izquierda a derecha o de arriba abajo.
Menú de ayuda (Help menu)
Ayuda (Help): Elegir este comando iniciará el explorador Web y mostrará las páginas de ayuda para el TreeView. Este comando requiere que tenga un navegador Web correctamente configurado y una conexión a Internet.
MANUAL
WEBGRAFÍA
GARLIC PROTEINDESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
Es una aplicación para visualizar membranas proteicas y secuencias de proteínas así como algunos objetos geométricos como pueden ser las membranas. Reconoce el formato utilizado en la PDB (Protein Data Bank).
La posición de la lámina y su grosor son visibles en una pequeña ventana. Tanto los enlaces atómicos como los átomos son tratados como objetos independientes y los colores del átomo y los enlaces dependen de la posición de éstos.
La posición de la lámina y su grosor son visibles en una pequeña ventana. Tanto los enlaces atómicos como los átomos son tratados como objetos independientes y los colores del átomo y los enlaces dependen de la posición de éstos.
Tiene capacidad de visualizar imágenes en 3D, aporta la información atómica del átomo sobre el que se encuentra el puntero del ratón, permite cargar más de una estructura, dibujar un gráfico de Ramachandran, ciclo helicoidal, diagramas de Venn, gráficos de hidrofobicidad promedio y gráficos de momentos hidrofóbicos.
Garlic protein es una aplicación que permite la visualización y edición de moléculas, estructuras de las proteínas, ADN, moléculas biológicas… s un programa gratis, de código fuente libre y que es aplicable perfectamente al entorno Linux. Creado por Damir Zucic.
PRIMEROS PASOS
Para visualizar una proteína se requiere su código PDB (alfanumérico de 4 dígitos), que se puede obtener en el Protein Data Bank. Se puede buscar los archivos desde la página del Protein Data Bank y descargarla para abrirla posteriormente.
Cargar un PDB requiere algo tan sencillo y prosaico como lanzar la instrucción correspondiente en la parte inferior del programa:
load /usr/share/doc/garlic/examples/trp.pdb
load /usr/share/doc/garlic/examples/trp.pdb
Traslaciones, rotaciones y otras operaciones se hacen mediante el teclado numérico. El funcionamiento del programa es básicamente por teclado, y por ello es preciso conocer las combinaciones de teclas que se indican más abajo.
Se pueden visualizar simultáneamente tantas estructuras como permita la memoria del equipo.
En ocasiones, la descarga de internet de un PDB determinado lo que aporta es un directamente un texto críptico, es el contenido del PDB: capture la totalidad de ese texto y pégelo en un editor de textos como Gedit, guárdelo allí con formato PDB (por ejemplo OXIDOREDUCTASE.pdb) y ya está.
CONTROLES DE GARLIC PROTEIN
Para hacer funcionar la aplicación es necesario utilizar teclas del teclado o bien el ratón. Gracias a ellos podremos rotar y mover la estructura, los enlaces, seleccionar átomos, cambiar la posición de diferentes superficies o el color de las líneas que observa el usuario. Las teclas que se utilizan son las numéricas del teclado y F1, F2, F3 Y F4.
Para cada uno de los comandos podemos tener varias posiciones, normal, largo, muy largo, corto y muy corto. Para cambiar de uno a otro solo hay que presionar una de las teclas que permite esta modificación como puede ser mayúsculas, ctrl. o control. El modo normal es el definido por defecto.
En la siguiente tabla se exponen las teclas que permiten modificar los diferentes modos de actuación:
En la siguiente tabla se exponen las teclas que permiten modificar los diferentes modos de actuación:
| TECLAS QUE MODIFICAN | TIPO DE MODIFICACIÓN | |
| Ninguna | Normal | |
| Mayúsculas | Largo | |
| alt_mayúsculas | Muy largo | |
| control | Corto | |
| mayúsculas_control | Muy corto |
La siguiente lista muestra los controles y el efecto que tienen sobre la estructura que se ha escogido. Estas acciones se pueden activar en “default editing mode” Si se editan bien átomos o bien cadenas, las teclas tendrán distintas funciones.
| TECLA | LOCALIZACIÓN | FUNCIÓN |
| 0 | TECLADO NUMÉRICO | Desplazamiento de la estructura a lo largo del eje z en dirección negativa. |
| 1 | TECLADO NUMÉRICO | Mueve hacia atrás a estructura a lo largo del eje z en dirección positiva. |
| 2 | TECLADO NUMÉRICO | Giro de la estructura en sentido de las agujas del reloj alrededor del eje x. |
| 3 | TECLADO NUMÉRICO | Mueve hacia atrás la estructura a lo largo del eje z en dirección negativa. |
| 4 | TECLADO NUMÉRICO | Giro de la estructura en sentido de las agujas del reloj alrededor del eje y. |
| 5 | TECLADO NUMÉRICO | Desplazamiento de la estructura a lo largo del eje z en una dirección positiva. |
| 6 | TECLADO NUMÉRICO | Giro de la estructura en sentido contrario a las agujas del reloj alrededor del eje y. |
| 7 | TECLADO NUMÉRICO | Giro de la estructura en sentido contrario a las agujas del reloj alrededor del eje z. |
| 8 | TECLADO NUMÉRICO | Giro de la estructura en sentido contrario a las agujas del reloj alrededor del eje x. |
| 9 | TECLADO NUMÉRICO | Giro de la estructura en sentido de las agujas del reloj alrededor del eje z. |
| Supr | TECLADO NUMÉRICO | Mueve hacia delante (cierra) la estructura a lo largo del eje z en dirección positiva. |
| enter | TECLADO NUMÉRICO | Mueve hacia delante (cierra) la estructura a lo largo del eje z en dirección negativa. |
| / (barra) ó F2 | TECLADO NUMÉRICO | Desplazamiento de la estructura hacia la izq. |
| * (asterisco) ó F3 | TECLADO NUMÉRICO | Desplazamiento de la estructura hacia la derecha. |
| - (menos) | TECLADO NUMÉRICO | Desplazamiento de la estructura hacia arriba. |
| +(más) oBarra Separadora | TECLADO NUMÉRICO | Desplazamiento de la estructura hacia abajo. |
| F1 | TECLAS “F” | Mueve hacia atrás (separa) la superficie de color a lo largo del eje z en dirección positiva. |
| F2 | TECLAS “F” | Mueve hacia atrás (separa) la superficie de color a lo largo del eje z en dirección negativa |
| F3 | TECLAS “F” | Mueve hacia delante (cierra) la superficie de color a lo largo del eje z en dirección positiva. |
| F4 | TECLAS “F” | Mueve hacia delante (cierra) la superficie de color a lo largo del eje z en dirección negativa. |
| Bloq num | TECLADO NUMÉRICO | Tecla que no se utiliza |
| Escape | Esquina izquierda superior | Vuelta al Modo de demostración |
Imágenes de ejemplo:
USO DEL RATÓN
Se puede situar el ratón sobre la estructura y ver la información del átomo señalado. Esta información sera visible en la ventana que aparece al presionar también el botón derecho de la esquina de la ventana principal. Si se está trabajando con una estructura larga, como una proteína o una molécula de AND, la secuencia adyacente al grupo señalado por el ratón se mostrará en la parte superior de la ventana principal.
El ratón también se puede utilizar para las rotaciones, desplazamientos, par alas tablas y ajustar el color. Si se quiere girar o desplazar la estructura, o cambiar las tablas o el cambio de color, hay que seleccionar el botón superior que aparece a la derecha de la ventana principal. En ocasiones, en el entorno Gnome las teclas F1, F2, F3 y F4 no funcionan bien con Garlic, por lo que se puede usar el ratón.
MANUAL Y TUTORIALES
WEBGRAFÍA
