STEP
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
Step es un simulador interactivo de Física en 2Dque le permite explorar el mundo físico mediante simulaciones. Funciona de la siguiente manera: se colocan unos cuerpos en la escena, se añaden algunas fuerzas, como la gravedad, muelles o cargas eléctricas y luego pulsa el botón y Step muestra cómo evoluciona su escena de acuerdo con las leyes de la Física. Podrá cambiar cualquier propiedad de los cuerpos o fuerzas de su experimento (incluso durante la simulación) y observará cómo esto modifica el progreso del experimento lo que facilita la comprensión de lo que sucede: cómo actúa o influye cada variable en el comportamiento de los objetos. Con Step no solo aprenderá, sino que también podrá sentir cómo funciona la Física.
Se puede trabajar con partículas puntuales, gases, líquidos, cuerdas, muelles, realizar gráficos o curvas con movimientos armónicos simples etc.
Además, permite añadir ventanas de texto en la escena.
La aplicación permite simular diferentes fenómenos físicos; el usuario coloca diferentes objetos en la escena y puede agregar fuerzas tales como resortes o la gravedad, luego para simular pulsamos el botón “simular” y la aplicación muestra cómo se comportaría la escena acorde a las leyes de la física
CARACTERÍSTICAS
Con Step se prodrán estudiar:
· Simulaciones de mecánica clásica en dos dimensiones.
· Partículas, muelles, fuerza de Coulomb y fuerza gravitatoria.
· Cuerpos rígidos.
· Detección y manejo de colisiones (actualmente, solo discretas).
· Simulación de cuerpos flexibles (deformables) como un sistema de partículas y muelles que puede ser editado por el usuario, ondas de sonido.
· Dinámica molecular (actualmente, usando el potencial de Lennard-Jones): gas y líquido, condensación y evaporación, cálculo de cantidades macroscópicas y sus varianzas.
· Conversión de unidades y cálculo de expresiones: puede introducir algo como «(2 días + 3 horas) * 80 km/h», que será aceptado como una distancia.
· Cálculo y propagación de errores: puede introducir valores como «1.3 ± 0.2» para cualquier propiedad, y los errores para todas las propiedades dependientes serán calculados usando fórmulas estadísticas.
· Estimación del error de la resolución: los errores introducidos por el mecanismo de resolución son calculados y añadidos a los errores introducidos por el usuario.
· Diferentes mecanismos de resolución: hasta el octavo orden, explícito e implícito, con o sin paso de tiempo adaptativo (la mayoría de los mecanismos de resolución necesitan la biblioteca GSL).
· Herramienta para controlar fácilmente las propiedades durante la simulación (incluso con accesos rápidos de teclado personalizados).
· Herramientas para visualizar los resultados: gráfica, medidor, trazador.
· Información contextual para todos los objetos, navegador de Wikipedia integrado.
· Colección de experimentos de ejemplo, pudiéndose descargar más con KNewStuff2.
· Cursillos integrados.
GUÍA DE USO
Step simula un mundo físico. La parte principal de Step es la escena del mundo, situada en el centro de la ventana principal de Step, donde primero colocará los objetos y donde a continuación verá la simulación. A la izquierda de esta escena hay una paleta que le permite escoger sus objetos físicos. Puede mover libremente esta paleta a cualquier parte de su escritorio con solo arrastrar su barra de título. A la derecha de la escena puede ver la descripción del mundo actual, sus propiedades, algo de ayuda para explicar lo que significan algunas palabras y el historial del mundo actual. Cada uno de estos paneles puede colocarse en cualquier lugar de la pantalla arrastrando sus respectivas barras de título.
Cuando comienza, Step integra una serie de cursillos que le enseñarán a construir un experimento de un modo sencillo.
El menú → abre un diálogo de archivos donde puede cargar los cursillos integrados en Step. Existen cinco cursillos con los que aprenderá progresivamente cómo interactuar con cada elemento de Step. Lo más aconsejable es comenzar por el primer cursillo pulsando sobre el archivo
tutorial1.step.Nota
Si no puede ver bien el cursillo, puede tratar de ampliar la ventana para que sea más legible.
El panel Mundo que hay a la derecha lista todos los objetos que tiene en su escena. Si pulsa aquí sobre un objeto, el panel Propiedades que hay debajo mostrará las propiedades de dicho objeto. En este panel puede también cambiar estas propiedades pulsando sobre la que quiera modificar.
Cada cursillo contiene algo de texto con una descripción de los nuevos elementos y sus propiedades. Luego se le pedirá que modifique algunas propiedades de los elementos para variar el resultado del experimento.
Cursillo 1: cuerpos y muelles
Este cursillo le presenta los cuerpos y los muelles, además de cómo comenzar su primera simulación.
Un cuerpo físico (o simplemente cuerpo) es un objeto que se puede describir por las teorías de la mecánica clásica, o de la mecánica cuántica, y sobre el que se puede experimentar con instrumentos físicos. Esto incluye la determinación de su posición y, en algunos casos, su orientación en el espacio, así como los medios para cambiarlas ejerciendo fuerzas.
Un muelle es un objeto elástico flexible que se usa para almacenar energía mecánica.
El experimento físico de este cursillo representa dos discos unidos por un muelle. Los discos tienen una velocidad inicial en una dirección tangencial (la flecha pequeña azul) y una aceleración (la flecha roja), mientras que el muelle posee una rigidez y su longitud se puede modificar. Al ejecutar el experimento podrá ver cómo los discos son empujados y atraídos por el muelle. El ejemplo le invita a modificar la rigidez del muelle, así como a intentar modificar el experimento del sistema.
Al final de este cursillo debería estar más familiarizado con la interfaz de Step y ser capaz de cambiar fácilmente las propiedades del los cuerpos.
Cursillo 2: controladores y gráficas
En este cursillo aprenderá más sobre controladores y gráficas.
Un controlador es un dispositivo que le permite modificar gráficamente una propiedad de un cuerpo o un muelle. En el cursillo, el controlador le permite cambiar la rigidez del muelle. Si desplaza el deslizador hacia la derecha o usa la tecla W, aumentará la rigidez del muelle, y si desplaza el deslizador hacia la izquierda o usa la tecla Q, la disminuirá. Si pulsa sobre el controlador con el botón derecho del ratón tendrá acceso a varias acciones contextuales y el diálogo Configurar el controlador... le permitirá cambiar cualquier propiedad del controlador.
Las gráficas le permiten visualizar gráficamente la relación entre dos variables. El ejemplo del cursillo le muestra la evolución de la posición de la primera partícula a medida que avanza el tiempo en el mundo. Puede borrar o eliminar la gráfica pulsando sobre ella con el botón derecho del ratón, así como editar el diálogo de configuración y cambiar ahí todas las propiedades de la gráfica.
Al final de este tutorial sabrá cómo usar los controladores para actuar sobre las propiedades de los cuerpos, así como usar las gráficas para observar las propiedades específicas de su experimento.
Cursillo 3: cuerpos rígidos y trazadores
Este cursillo 3 es una introducción a los cuerpos rígidos y los trazadores.
Un cuerpo rígido es una idealización de un cuerpo sólido con un tamaño finito al que no se le permite deformarse. En otras palabras, la distancia entre dos puntos cualquiera de un cuerpo rígido permanece constante con el tiempo a pesar de las fuerzas externas que actúan sobre él.
Un trazador es una herramienta que muestra la trayectoria de un punto dado sobre un objeto rígido.
Cuando se selecciona un cuerpo rígido (en este caso un disco), pueden apreciarse sobre él tres controladores de color gris. Si pulsa sobre ellos y los desplaza, podrá modificar la velocidad, el ángulo y la velocidad angular del cuerpo.
El experimento del cursillo 3 muestra un disco y una caja unidos por un muelle. Existe ya un trazador (de color azul) sobre la caja. Para añadir un segundo trazador seleccione Trazador en el panel Paleta y luego pulse sobre la caja en el punto donde desea colocar el trazador. En el panel Propiedades pulse sobre la línea color, y a la derecha de esta línea pulse sobre el cuadrado azul; aparecerá una paleta de color con la que podrá elegir un nuevo color para el trazador. La captura de pantalla superior muestra dos trazadores tras una simulación de varios segundos.
Cursillo 4: motores y fuerzas
Dispone de dos tipos de motores en Step: motores lineales y motores circulares. Un motor lineal aplica una fuerza constante a un punto dado sobre un cuerpo, mientras que un motor circular aplica un momento angular constante a un cuerpo.
Pueden añadirse tres fuerzas diferentes a los cuerpos: la fuerza del peso, la fuerza gravitatoria y la fuerza de Coulomb. Por defecto, todas las fuerzas están desactivadas en Step. La fuerza de Coulomb es una fuerza que existe intrínsecamente entre dos cargas.
En el experimento tiene un disco y una caja unidos por un muelle, mientras que una caja alargada en la base hace de frontera. Tanto al disco como a la caja se les ha aplicado un motor lineal. Dos controladores le permiten modificar el valor de la fuerza de cada motor. Comience la simulación y juegue con los controladores. Pare luego la simulación y añada una fuerza del peso al mundo (las fuerzas son globales y se aplican a todo el mundo). Reinicie la simulación y analice la diferencia.
Puede también eliminar el motor lineal que actúa sobre la caja y añadir un motor circular. Pulse sobre MotorCircular en el panel Paleta y a continuación pulse sobre la caja. Se aplicará un motor circular sobre la caja. Ahora necesita fijar el valor del par motor, para lo que tendrá que pulsar y desplazar el controlador gris del motor.
Este cursillo ha sido una introducción a los motores y las fuerzas, por lo que ahora debería ser capaz de añadir estos a los cuerpos.
Cursillo 5: uniones
Las uniones son objetos que conectan unos cuerpos con otros o con el fondo. Dispone de las siguientes uniones en Step: anclas, alfileres y palos. Un ancla es una unión que fija la posición del cuerpo. El cuerpo no puede moverse cuando tiene un ancla. Un alfiler es una unión que fija un punto del cuerpo; el cuerpo puede todavía moverse alrededor del alfiler. Un palo es una unión que fija la distancia entre dos puntos de dos cuerpos.
El cursillo 5 describe un péndulo doble.
Añada una Partícula a escena y a continuación fije esta partícula a una segunda con un palo. En el panel Paleta pulse sobre Palo. Primero debe seleccionar el primer objeto que va a conectar al palo (la segunda partícula) con el botón izquierdo del ratón y luego arrastrar el ratón hasta el segundo objeto (la tercera partícula); finalmente libere el botón del ratón cuando se encuentre sobre esta tercera partícula. ¡Ahora tiene un péndulo triple!
TUTORIAL
VÍDEOS
WEBGRAFÍA
ATOMIX
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
Atomix es un juego, tipo rompecabezas en donde la trama del mismo consiste en formar moléculas de algunos compuestos químicos y a partir de sus átomos que son las piezas del “rompecabezas”, con lo que se logra el conocimiento de molécula que se pretende construir.
Los átomos están diseminados por un laberinto y hay que formar la molécula que se pide en un tiempo determinado.
Tiene tres niveles de dificultad y pueden participar uno o más jugadores. Es sin duda un juego educativo básico.
Hay una variante de Atomix en Squeak.
PRIMEROS PASOS
Con el cursor se selecciona el átomo, pero este una vez empieza a moverse no se detiene hasta que choque con un objeto, por lo que es preciso elegir bien el lugar donde se pretende construir la molécula, llevar en mente las combinaciones válidas a partir de conocer las valencias etc.
Se puede utilizar tanto el ratón como el teclado.
Comenzando con la molécula del agua conforme vamos subiendo de nivel, la complejidad del “armado” de moléculas se incrementa. Aunado a ello nos toma la medida del tiempo que tardemos en resolver cada problema.
WEBGRAFÍA
MANUAL
No hay manual de uso
AVOGADRO
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
Avogadro es una aplicación que permite diseñar y representar estructuras moleculares en tres dimensiones, mostrando todas las perspectivas posibles. Estas moléculas se pueden exportar como imágenes o crearlas y manipularlas desde el programa.
Admite numerosos formatos de almacenamiento, incluida la importación de archivos químicos a través de OpenBabel (formatos específicos de química computacional, cristalografía, y biomoléculas) y dispone además de ejemplos a modo de ayuda.
Lo mejor de este programa es la facilidad de manipulación y animación de las moléculas que pueden dibujarse.
Simplemente usando los botones del ratón o girando las barras de desplazamiento de los tres ejes, situaremos el diseño en cualquier posición. También se puede hacer que la pieza gire en cualquier sentido y dirección.
Con este programa se pueden construir moléculas tanto orgánicas como inorgánicas para posteriormente transportarlas como imagen o trabajar con ellas en el mismo programa.
Es muy interactivo, una vez puesto un elemento se ajustan automáticamente los enlaces con Hidrógeno y posteriormente se pueden ir añadiendo otros elementos, y los enlaces se reajustarán.
Al igual que XDrawChem es posible guardar los archivos en los formatos de imagen más habituales y también en PDF.
CARACTERÍSTICAS:
§ Multiplataforma (Linux, Mac y Windows)
§ Posibilidad de aumentar las prestaciones del programa mediante Plugins.
§ Incluye Rendering y herramientas interactivas.
§ Soporta para celdas unidad cristalográficas.
§ Visualizador de isosuperficies y orbitales, incluyendo Gausianas, cubos, OpenDX, and archivos Gaussiano fchk.
§ Traducciones a francés y alemán.
En definitiva, lo más destacable de Avogadro es su visualizador, aunque también se puedan dibujar varias estructuras y guardarlas en archivos.
PRIMEROS PASOS
Una vez colocado un elemento se ajustan automáticamente los enlaces con hidrógeno y después se pueden incorporar más elementos reajustándose los enlaces automáticamente.
La manipulación (mediante los botones del ratón o girando las barras de desplazamiento de los tres ejes) y animación de las moléculas es sencilla y muestra diferentes perspectivas, por lo que resulta un gran visualizador que incluye además posibilidad de renderizado.
TUTORIALES EN INGLÉS
WEBGRAFÍA
BKCHEM
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
BKChem es un programa de dibujo especialmente diseñado para dibujar fórmulas químicas. Se utiliza para obtener dibujos esquemáticos de los enlaces químicos que componen una sustancia determinada. Dispone de plantillas que facilitan el trabajo: purina, benceno, ciclopentadieno, ciclopentano, etc.
Es capaz de interpretar un gran número de fragmentos como-CH2CH2COOH y puede ampliar estos fragmentos en las estructuras normales.
Es capaz de interpretar un gran número de fragmentos como-CH2CH2COOH y puede ampliar estos fragmentos en las estructuras normales.
Incluye los símbolos y partes básicas de toda fórmula química. Así, en unos pocos pasos podremos crear la estructura básica y enlaces junto con los símbolos de cada elemento.
BKChem permite guardar o exportar los dibujos en formatos SVG, SVGZ, CDML, CDGZ y editarlos posteriormente. Así podremos añadir las fórmulas a nuestros textos como una imagen adjunta. Pero también te permite exportarlos en formatos PDF, ODF, PNG y CML para que puedas pegarlos en otros documentos como Microsoft Word entre otros.
Importa Molfile y CML entre otros.
Aplicaciones similares accesibles por menús son: GchemPaint, Chemtool, EasyChem y XDrawChem.
VENTAJAS Y DESVENTAJAS
Ventajas
· Facilita el dibujo de fórmulas químicas
· Exporta las fórmulas a PNG, SVG, PDF y ODF
Desventajas
· Poco intuitivo
PRIMEROS PASOS
Como incluye los símbolos y partes básicas de toda fórmula química, en unos pocos pasos se puede crear la estructura básica con los enlaces y los símbolos de cada elemento.
Los enlaces se representan uno a uno, y tanto su longitud como los ángulos de inclinación tienen dimensionamientos controlados para facilitar la labor.
Tiene opciones de alineación, escalado y rotación.
A continuación se explica cómo se pueden obtener fácilmente las fórmulas y ecuaciones químicas e incluirlas por ejemplo en editores como LYX como figuras gráficas PNG:
LYX es un editor de textos que utiliza el lenguaje de preparación de documentos denominado LATEX, aunque para utilizarlo no es necesario tener conocimientos previos de LATEX. Presenta la ventaja sobre este último de que es un editor de textos gráfico del tipo WYSIWYG (What You See Is What You Get). Si quieres que la mayor parte de los menús que vas a utilizar se encuentren en castellano, entonces tienes que haber seleccionado Idioma español en el centro de control de KDE. Si no lo has hecho antes, hazlo ahora.
Existen varias versiones del editor LYX. Teclead desde un terminal la instrucción lyx y aparecerá un editor. Este editor consta de una barra de menús en la parte superior, que nos permitirá abrir y cerrar documentos (Archivo), elegir el estilo del texto (Editar), ver el resultado del documento (Ver), insertar figuras, tablas y fórmulas (Insertar), navegar por el índice del documento (Navegar), definir el tipo de documento y el tipo de letra (Documento), entre otros menús (Herramientas y Ayuda). Muchos de estos comandos se obtienen también con los botones de la barra de comandos, situada debajo de la de menús. Situando el cursor encima de cada botón obtendremos información sobre lo que hacen. También dispone de una ayuda en el menú Ayuda.
Para abrir un fichero nuevo, pulsad con el botón izquierdo del ratón en el menú Archivo/Nuevo. Si el fichero ya existe, pulsad Archivo/Abrir y escribid el nombre del fichero en el campo File Namede la ventana abierta (o pinchad con el ratón sobre el fichero correspondiente). Se obtiene el mismo resultado pinchando en el botón de abrir ficheros 
Para utilizar LYX con las características de nuestro idioma debemos configurar las características del documento. Para hacerlo pulsad Documento/Configuración. En la ventana que aparece se pueden modificar las características del documento que se va a crear. Algunas de las opciones que tenemos son la Clase del documento, las Fuentes o tipos de letras, el Diseño de texto y de página, etc. En la opción Idioma es importante poner el Idioma Español, mientras que en el campo Codificación se debe elegir latin1 con el fin de que se reconozcan de una forma correcta los acentos. Existen otras muchas opciones que permiten, por ejemplo, modificar los márgenes o el tipo de papel.
Una vez que hemos entrado en el editor de la forma anteriormente indicada, se puede escribir texto con el teclado. Pulsando el icono que contiene la flecha 
aparece un menú que permite escribir el título del documento, secciones, subsecciones, etc.
aparece un menú que permite escribir el título del documento, secciones, subsecciones, etc. Aunque el LYX es un editor de textos de tipo WYSIWYG, para obtener en pantalla el documento tal y como aparecerá cuando lo mandemos imprimir, es necesario procesarlo. Esto se hace en el menú Ver/PDF para verlo en formato pdf o Ver/PostScript para el caso de formato postscript. Aparecerá una ventana donde se muestra el fichero LATEX procesado, tal y como aparecerá una vez impreso.
Con los botones cortar
, copiar
y pegar 
texto se pueden realizar estas tres funciones sobre el texto que previamente se ha marcado con el cursor del ratón (para marcar se selecciona el texto manteniendo el botón izquierdo del ratón pulsado).
, copiar y pegar texto se pueden realizar estas tres funciones sobre el texto que previamente se ha marcado con el cursor del ratón (para marcar se selecciona el texto manteniendo el botón izquierdo del ratón pulsado). Para crear listas, hay que pulsar el icono que contiene la flecha , y seleccionar alguno de los tipos de listas que tiene: Lista (lista descriptiva simple), Enumeración (enumeradas), Enumeración* (simples) o Descripción (descriptiva). Cuando se termina de crear la lista hay que volver a poner el texto en modo Normal.
, y seleccionar alguno de los tipos de listas que tiene: Lista (lista descriptiva simple), Enumeración (enumeradas), Enumeración* (simples) o Descripción (descriptiva). Cuando se termina de crear la lista hay que volver a poner el texto en modo Normal. Para crear una tabla pulsad el icono situado en la parte derecha del panel 
. Aparecerá una ventana donde elegimos el número de filas y columnas de la tabla. Para escribir texto en cada casilla nos podemos mover con el ratón o con las teclas del cursor.
. Aparecerá una ventana donde elegimos el número de filas y columnas de la tabla. Para escribir texto en cada casilla nos podemos mover con el ratón o con las teclas del cursor. | Esto | es |
| una | tabla |
Pulsando el botón derecho del ratón podemos realizar una serie de manipulaciones en la tabla. También se puede incluir en la parte inferior un panel para modificar la tabla, pulsando el icono 
.
. Para escribir ecuaciones matemáticas pinchad sobre el botón 
, que permite escribir fórmulas matemáticas en la línea en la que tenemos el cursor. Si deseamos escribir fórmulas matemáticas centradas en el texto (para el caso de fórmulas grandes), utilizaremos el menú Insertar/Ecuación/Presentación. También se puede incluir en la parte inferior un panel para modificar las fórmulas, pulsando el icono. En dicho panel se incluyen muchos de los símbolos matemáticos.
Nota: Al crear una matriz, es aconsejable poner primero los paréntesis y después los elementos de la matriz.
, que permite escribir fórmulas matemáticas en la línea en la que tenemos el cursor. Si deseamos escribir fórmulas matemáticas centradas en el texto (para el caso de fórmulas grandes), utilizaremos el menú Insertar/Ecuación/Presentación. También se puede incluir en la parte inferior un panel para modificar las fórmulas, pulsando el icono. En dicho panel se incluyen muchos de los símbolos matemáticos. Nota: Al crear una matriz, es aconsejable poner primero los paréntesis y después los elementos de la matriz.
Para insertar figuras pinchar en el icono 
y se desplegará un menú para incluir la imagen o figura. LYX creará un espacio reservado para el tipo de figura elegido. Pinchando con el botón izquierdo del ratón sobre el espacio reservado a la figura aparecerá una ventana que permite indicar el fichero que contiene la figura (en el campo que aparece en la parte superior, denominado Archivo) y las opciones.
y se desplegará un menú para incluir la imagen o figura. LYX creará un espacio reservado para el tipo de figura elegido. Pinchando con el botón izquierdo del ratón sobre el espacio reservado a la figura aparecerá una ventana que permite indicar el fichero que contiene la figura (en el campo que aparece en la parte superior, denominado Archivo) y las opciones. El LYX permite crear ficheros de otros formatos, como pueden ser ``pdf'' o LATEX. Asi, para crear un fichero ``pdf'', pinchad en Archivo/Exportar/Pdf, creará un fichero con el mismo nombre que el fichero LYX y con la extensión .pdf. Para crear un fichero LATEX (y por tanto con extensión .tex), pinchad en Archivo/Exportar/LaTEX.
Pinchar en Archivo/Salir. Si has efectuado algún cambio te preguntará si quieres grabar el fichero con los cambios o no.
Para insertar fórmulas químicas vamos a utilizar el programa BKchem, que es un editor de moléculas en 2D (y 3D) de distribución libre. Con este programa se pueden obtener fácilmente las fórmulas y ecuaciones químicas e incluirlas en el LYX como figuras gráficas de tipo ``png'' (ver secciones correspondientes). Para ello, teclead desde un terminal la instrucción bkchem.
El programa BKchem tiene una serie de menús en la parte superior que nos permitirán crear las fórmulas. Así, el botón 
permite crear enlaces, mientras que 
permite incluir los átomos entre los enlaces. Empezaremos dibujando la fórmula de un hidrocarburo, como es el hexano, 
y de un alcohol, como es el etanol:
permite crear enlaces, mientras que permite incluir los átomos entre los enlaces. Empezaremos dibujando la fórmula de un hidrocarburo, como es el hexano, y de un alcohol, como es el etanol: 
Otra de las opciones permite cambiar el tipo de enlace de simple a doble 
o a triple
. Así, a partir del etanol, crearemos la fórmula del etanal
o a triple. Así, a partir del etanol, crearemos la fórmula del etanal 
Usando el botón 
podemos crear todo tipo de ciclos, sean aromáticos o no. Así, representaremos el ácido benzoico
podemos crear todo tipo de ciclos, sean aromáticos o no. Así, representaremos el ácido benzoico 
y a partir de él, el ácido acetilsalicílico. Para ello, primero rotaremos la molécula de ácido benzoico, usando 
o
. Después añadiremos el grupo éster
o. Después añadiremos el grupo éster 
También se pueden representar fácilmente los hidrocarburos policíclicos aromáticos, como son el naftaleno o el antraceno
También se puede representar el ciclohexano en su conformación silla, con o sin los hidrógenos
Podemos utilizar el BKChem para escribir reacciones químicas. Por ejemplo, dibujaremos la reacción de disociación de la aspirina
Se pueden exportar las fórmulas a un fichero gráfico de tipo ``png'' y, por tanto, fácil de incluir en el LYX. Si queremos que la fórmula tenga un tamaño reducido, tenemos primero que modificar las propiedades del fichero que genera, para que ocupe sólo el tamaño de la fórmula y no toda una página. Para ello modificaremos las opciones en File/File properties y marcaremos la casilla Auto crop image in SVG. Después exportaremos la fórmula a un fichero ``png'' utilizando el menú File/Export/PNG (Cairo).
MANUAL Y TUTORIALES
WEBGRAFÍA
CHEMTOOL
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
Chemtool es una herramienta educativa bastante útil, sobretodo para estudiantes, investigadores y profesionales de la Química ya que permite dibujar casi cualquier tipo de estructura química y moléculas orgánicas, facilitando enormemente el trabajo de realizar informes y reportes de laboratorio.
Este pequeño programa ha sido diseñado en GTK lo que garantiza su ligereza y estabilidad. Está principalmente orientado a trabajar en plataformas Unix y Linux funcionando cómodamente bajo X11. Se integra con facilidad con LaTeX generando rápidamente gráficos 2D los cuales pueden ser adicionados con rapidez en cualquier documento que estemos realizando.
Chemtool cuenta con una enorme cantidad de herramientas y funciones, que ayudan en la creación de estructuras químicas complejas.
Otro de los puntos que podemos destacar de Chemtool es su completa y sencilla interfaz de usuario, que facilita el proceso de creación de dibujos de moléculas y estructuras químicas gracias a su completo menú, que organiza por completo todas las utilidades que posee esta aplicación.
Es un editor de estructuras químicas en 2D que permite muchos tipos de enlace, la mayoría de las formulas de texto necesarias para escritura química y flechas indicadoras/arqueadas/curvadas.
Los dibujos se pueden exportar a formatos MOL y PDB, en formatos SVG, XFig y LaTeX para hacer anotaciones posteriores, como un dibujo o como archivos Postscript.
Contiene un programa de ayuda para calcular sumas de fórmulas y pesos moleculares exactos.
MANUAL
WEBGRAFÍA
EASY CHEM CHEMICAL STRUCTURES EDITOR
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
Esta aplicación es una aplicación para crear moléculas químicas en 2D de forma intuitiva, con una calidad muy elevada (diseñados para la publicación de libros) y exportarlos en formato PDF, PostScript, LaTeX y Fig para ayudarle a integrar su dibujo en cualquier software que utilice.
EasyChem es un programa diseñado para dibujar moléculas químicas, escrita bajo Linux y el uso de GTK + 2.
WEBGRAFÍA
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
Es una aplicación de química computacional que puede crear y manipular moléculas, realizar cálculos dinámicos, animaciones, sistemas periódicos y estructuras cristalinas. Permite la optimización geométrica, cálculo de morfologías y de energías mínimas. Parece que ya es funcional pero continúa en desarrollo.
Utiliza los formatos CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN, y GULP. Se integra con Babel, con lo que son también accesibles los PDB.
Soporta animaciones BIOSYM y dispone de numerosas opciones de visualización.
GUÍA DE USO
Está orientado a la visualización de sistemas moleculares y periódicos. También actúa como un interfaz con paquetes externos de computación que permiten realizar cálculos de minimización de energía y otras tareas, aumentando sus posibilidades: POVRay, GULP, cdd, SgInfo, GPeriodic y Babel.
Abriendo estructuras
La principal manera de utilizar GDIS es cargar alguna estructura(s). Una vez se hace clic en el icono de “Abrir modelo” o se selecciona la opción de menú es seleccionada, se muestra una caja de diálogo para navegar por las carpetas. Por defecto, se muestran todos los tipos de archivos soportados por GDIS.En la esquina inferior derecha se puede filtrar el tipo de fichero deseado.
Los archivos pueden ser cargados haciendo doble clic sobre su nombre, o seleccionando el archivo (un clic) y seleccionando el botón . También puede escribirse directamente el nombre del archivo. La extensión del archivo es obligatoria para determinar el tipo de formato y debe estar siempre presente al cargar y guardar archivos.
USO DEL RATÓN
GDIS está diseñado para ser utilizado con un ratón de tres botones, aunque con uno con dos también puede utilizarse sin problemas.
El botón izquierdo del ratón se usa para seleccionar subconjuntos de elementos de un modelo. Esto se consigue haciendo clic sobre los átomos, en cuyo caso se muestra información de los átomos seleccionados en la zona de propiedades del átomo situada en el panel izquierdo de la ventana principal.
También se puede seleccionar átomos si se mantiene presionado el botón izquierdo y se arrastra el ratón. Haciendo clic en una zona vacía de la ventana de visualización, limpia la selección. Los átomos seleccionados pueden eliminarse presionando la tecla Supr o con la opción de menú . Los átomos seleccionados también pueden cortarse y pegarse en otros modelos, ser ocultados, o modificar su color mediante la opción adecuada del menú Edit.
La acción por defecto cuando se pulsa el botón central y se arrastra el ratón, es mover el modelo en su conjunto. Si se mantiene presionada la tecla Ctrl, sólo se moverán los átomos seleccionados. Si se mantiene presionada la tecla May, se hará un zoom sobre el modelo.
Arrastrar con el botón derecho de ratón, rotará todo el modelo. El movimiento del ratón en la dirección x e y produce una rotación sobre dos de los tres ejes espaciales. Si se mantiene presionada la tecla May, la rotación se realizará sobre el tercer eje. Si se mantiene presionada la tecla Ctrl, sólo se rotarán los átomos seleccionados.
MODOS DE FUNCIONAMIENTO
Por defecto, GDIS funciona en modo normal. El comportamiento de este modo se describe en la sección anterior de Interacción básica. Sin embargo, GDIS puede funcionar en otros modos interactuando de forma distinta con el ratón.
El modo de funcionamiento siempre se muestra en la esquina inferior derecha de la ventana.
También se puede volver al modo normal de funcionamiento haciendo clic en el icono de la barra de herramientas.
AÑADIENDO Y ELIMINADO OBJETOS
Cuando se selecciona la opción de menú , se muestra una nueva caja de diálogo. Para ello debe haber cargado un modelo o crearse uno nuevo ().
Para añadir átomos: hacer clic sobre el botón , luego dirigirse a la ventana de trabajo e ir haciendo clic para añadir átomos al modelo. Cuando se añaden átomos, puede usarse el panel de propiedades del átomo para modificar el elemento, cargarlo y cambiar su posición.
MEDICIONES
La opción de menú muestra la caja de diálogo Mediciones (measurements). Si uno de los modos manuales es seleccionado, se cambiará el modo de funcionamiento correspondiente. Sin embargo, el modo también indicará que espera que sean especificados un cierto número de átomos para realizar la operación.
Por ejemplo, si se selecciona la medición de ángulos (measure angles), el modo reflejará cuántos átomos se han seleccionado y cuántos son necesarios en total. Cuando se selecciona el número de átomos requerido, la medida se lleva a cabo y se muestra en la caja de diálogo y en la ventana de visualización.
Las mediciones pueden eliminarse haciendo clic en su entrada en la caja de diálogo y seleccionando el botón . Si se selecciona el nombre del modelo en la caja de diálogo de ediciones, al pulsar en Eliminar se eliminarán todas las mediciones.
TUTORIAL
WEBGRAFÍA
GENOME CHEMISTRI UTILS
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
Gnome Chemistry Utils es una suite de herramientas relacionadas con la química.
Gnome Chemistry Utils es una de las herramientas destinadas al entorno Gnome más útiles para realizar de forma muy rápida y sencilla diversas operaciones de cálculo, visualización y edición de modelos y estructuras químicas.
Es fácil de usar. A pesar de su sencillez, permite dibujar estructuras bastante complejas. Viene con plantillas de orbitales y anillos básicos. Puedes crear rápidamente cadenas largas y elegir entre varios tipos de enlaces.
A continuación aparecen cada una de las aplicaciones junto con una breve descripción ilustrada de cada una de ellas:
GChemPaint: Como su nombre lo indica es el "paint" de los químicos ya que este fabuloso programa permite editar muy fácilmente estructuras químicas moleculares en 2D con capacidades para:
- Representación de reacciones químicas con ataques electrónicos (electrófilos-nucleóficlos)
- Visualización de cargas formales, electrones no compartidos y no apareados (radicales)
- Exportar para publicación directa en el formato más utilizado para moléculas en Wikipedia
- Visualización de orbitales atómicos, Exportación a los formatos de imágenes más comunes.
Chemical calculator: nos permite calcular muy rápidamente los pesos moleculares de cualquier molécula, su composición centesimal, así como también nos muestra el patrón isotópico de dicha molécula en función de las abundancias isotópicas relativas de cada uno de los elementos que se encuentran en el compuesto.
GChem3D: Esta simple herramienta es un visualizador tridimensional de moléculas que soporta los formatos de archivos más usuales para la representación de moléculas.
Gnome Crystal: Visualizador 3D de estructuras cristalinas que soporta los formatos de archivo de datos cristalográficos más usuales. "GNOME Crystal o Crystalline Structures Viewer" Es un visualizador de archivos de estructura cristalina. Puedes ver las estructuras en forma de malla, bolas y átomos. Permite rotar la estructura para verla desde diferentes ángulos. Funciona muy bien.
GChemTable: y como ningún set de aplicaciones de química está completo sin una tabla periódica, acá esta este componente de Gnome Chemistry Utils. Esta aplicación permite conocer rápidamente varias de las propiedades periódicas de los elementos químicos, incluyendo, como dato curioso, el nombre del elemento químico en varios idiomas.
VENTAJAS E INCONVENIENTES
Ventajas
· Tabla periódica muy completa
· Aplicaciones variadas
Inconvenientes
· Poca integración entre sí
WEBGRAFÍA
GPERIODIC
DESCRIPCIÓN DE LA APLICACIÓN
GPeriodic es una sencilla herramienta con la que podrás ver la tabla periódica de los elementos.
En cuanto a la Tabla Periódica de los elementos que aparece en la aplicación, cuando pulsamos sobre un elemento se muestran 26 items de información acerca de él: peso molecular, radio atómico, radio covalente, radio iónico, volumen atómico, calor específico, temperatura de fusión, temperatura de evaporación, conductividad térmica, primer nivel de ionización, estados de oxidación, configuración electrónica, etc…
Veamos un ejemplo:
Es una herramienta de trabajo imprescindible, tanto para los expertos como para los que reciben sus primeras nociones en química.
MANUALES DE USO
No hay manual de uso disponible
WEBGRAFÍA
